Po poznaniu rozwiązania problem wydaje się być głupi, ale powstrzymał mnie skutecznie przez bardzo długi czas przed debugowaniem aplikacji w PHP z użyciem Xdebug.
Do sedna: jeżeli w trakcie debugowania nagle tracisz możliwość sterowania debuggerem (dezaktywują się przyciski od nawigowania po kodzie, itp.), ale sama aplikacja i sesja debuggera nadal działa (jesteś w stanie ją pomyślnie zakończyć), to prawdopodobnie Eclipse stracił focus na debugowanym przez Ciebie wątku. Stan taki pokazuje poniższy zrzut ekranu:
Co w takiej sytuacji? Wystarczy kliknąć na “Remote launch” w karcie “Debug” (u mnie jest to lewa górna część ekranu):
Jak widać, przyciski do sterowania debuggerem są znów aktywne i można kontynuować tę sesję Xdebug.